《洞洞杂货店》是一部风格偏向悬疑与都市传说的漫画。它描绘了一家只在深夜零点至黎明前营业的、位于地下通道深处的奇异小店。店主是一位总是戴着白手套、看不清面容的黑衣男子，他出售的商品是各种“已消失之物的凭证”——比如某段感情的“气味标本”、某个逝去之人的“指纹书签”、某个被遗忘梦想的“残响录音带”。这里的顾客都带着无法言说的执念而来，他们希望通过购买这些凭证，来证明某些东西曾经真实存在过。主人公是一位名叫陈默的实习记者，他为了调查都市传说而误入此店，却被店主强行留下，成为“见证人”，负责见证每一位顾客与过去告别的瞬间。陈默在一次次见证中，逐渐明白：执着于“证明存在”，往往是因为无法接受“已然失去”。
今夜，店铺里来了一位没有影子的女人，她买走了“自己的出生证明”。陈默惊讶地发现，这个女人其实是某位知名作家笔下的虚构人物，因为作家的离世而面临“消失”。她微笑着对陈默说：“谢谢你们还记得我。”在黎明到来前，她化作了墨迹消散在空气中。这是陈默最后一次见证，他合上了记录本，店长默默关上了门。
一位老人买走了一本“空白的日记”，店长告诉他，这本日记可以记录他遗忘的一切。老人每晚都会来写几笔，渐渐地，他发现自己写下的其实是他患有阿尔茨海默症的妻子虚构的记忆。他选择不去拆穿，而是将这些虚构的记忆也当作宝贝，小心翼翼地收藏。他说：“真假不重要，重要的是她还能创造回忆。”
著名小提琴家因手伤毁掉了职业生涯，他来店里求购一双“完美的手”。店长却给了他一根“记忆琴弦”，让他绑在自己的手腕上。琴弦震动时，他听到了自己过去所有演奏中的瑕疵和错误，而非掌声。他崩溃后痛哭，最终接受了不完美的自己，开始尝试作曲，用新的方式延续音乐生命。
一个乞丐用攒了很久的一枚硬币，买下了“一阵风声”。店长给了他一个空的火柴盒，里面装着他故乡麦田里的风声。乞丐打开火柴盒时，紧闭的双眼流下泪来，他说：“我已经五十年没听过家乡的风了。够了，这辈子值了。”
一个因失恋而哭泣的女孩买走了一瓶“结冰的眼泪”。店长说，这眼泪能让她看到自己在对方记忆里的样子。她看过后，发现自己在对方心里早已变成了一个歇斯底里的怪物。她擦干眼泪，删掉了所有联系方式，说：“原来我早该放手了，谢谢这滴眼泪让我看清。”
实习记者陈默第一次发现这家店，是被地下通道里一扇散发着诡异蓝光的门吸引。他推门进去，看到满墙的玻璃瓶和黑衣店长。店长递给他一支笔，说：“你是记者？正好，帮我记录一下今晚客人的故事。作为报酬，我可以告诉你，你自己遗失的那个东西在哪。”陈默就这样开始了他的见证之夜。